<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear Justin, Thank you for your immediate reply amidst of your busy schedule <br></div><div>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I&nbsp; am trying to pull one of&nbsp; chain of my protein &nbsp; using umbrella option of gromacs (As did in your website tutorial)&nbsp; After umbrella&nbsp; pulling i have extracted all frame of .gro&nbsp; from .trr files . i am&nbsp; getting various .gro files.As stated in tutorial i am using g_dist command it shows progression of COM between Chain A(Mobile group)&nbsp; and Chain_B ( Reference group). i have not used the Perl&nbsp; script&nbsp; <br></div><div>using&nbsp;&nbsp; Distance.xvg files (Obtained as output of g_dist)&nbsp; Can i select spacing for sampling.?</div><div>The above My Assumption is&nbsp;
 wright or wrong.?</div>Thanks in advance<br></div></body></html>