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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

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  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 12/22/2011 6:16 PM, Sairam Tatikonda wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAPc5CMN2SMWtY6khn7VDCUFg5bDaf95jdhFf4t1-Nm7mQ9bBZQ@mail.gmail.com"

      type="cite">Hi,<br>

      I have performed minimization of ubiquitin&nbsp; in vaccum both in

      GROMACS and NAMD using CHARMM force field .when i have compared

      the energy values for first step ,i found that variation in the

      values<br>

    </blockquote>

    <br>

    In GROMACS, that energy is based on the result of the first EM step.

    To do a "single-point" energy calculation, do a zero-step MD run, or

    use mdrun -rerun.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAPc5CMN2SMWtY6khn7VDCUFg5bDaf95jdhFf4t1-Nm7mQ9bBZQ@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; NAMD (kcal/mol)&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

      GROMACS(kcal/mol)<br>

      Bond &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 1929.3647 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1928.57<br>

      pro.dihed &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <span class="Object" id="OBJ_PREFIX_DWT36">256.1007</span>&nbsp;

      &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 345.21<br>

      imp dihed &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 10.8044 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.797<br>

      potential &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1295 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1215<br>

      coloumbic &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1483.6554 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1557.72<br>

      LJ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 73.1648 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      69.445 <br>

      <br>

      Structure<br>

      information&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NAMD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; GROMACS<br>

      atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1231&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1231<br>

      bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1237&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1236<br>

      dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3293&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3292<br>

      Impr dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 204&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 203<br>

    </blockquote>

    <br>

    It seems clear that you have a difference in the .psf and .top

    topologies you are generating, so any further comparison is not

    profitable.<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAPc5CMN2SMWtY6khn7VDCUFg5bDaf95jdhFf4t1-Nm7mQ9bBZQ@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      Though the number of atoms are same ,i did not understand why

      there is variation in number of bonds,angles and dihedrals leading

      to difference in energy values. <br>

      where i have calculated the coloumbic energy and LJ energy from

      log file of GROMACS by adding up short range,long range and 14 <a

        moz-do-not-send="true" href="http://terms.is">terms.is</a> it

      the correct way of calculating the total coloumbic and LJ energies

      to compare&nbsp; them with NAMD coloumbic and LJ values.<br>

    </blockquote>

    <br>

    You will have to read the documentation for each code carefully in

    order to do calculations that compute the same things. There are

    lots of details you will have to get exactly right.<br>

    <br>

    Mark<br>

  <br />-- 

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</html>