hello sir,<br>i dono what i did was correct or not. But i did it.<br>please tell me what i did was correct or not,,<br>i tried two different ways to generate my top file.<br><br><br>first i did prodrg for my whole lipopeptide and got its itp . pdb and gro file.<br>
then i included information about atomtype, bond, pairs ,dihedrals from this prodrg.itp into charmm27 forcefield rtp.<br>And also added DRG as lipid in residuetype.dat..<br>then i tried <br><b>pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p protein.top -ignh</b><br>
<br>but i got error as<br><b> No atom found in .rtp file in residue moleculetype.</b><br><br>so i though of using pdb file obtained from prodrg as input and repeated the step.<br>But still i am getting the same error.<br>
<br>second way<br>i took one topology file generated for some protein and edited it. <br>and i included my prodrg.itp file using include mechanism<br>then set box to that prodrg.gro file and added water. And used that top file which i edited since it contain all information about my pdb.<br>
even my SOL molecules got  written in that topology file.<br>then i viewed that proteinwater.pdb file using pymol.<br>when i go for energy minimisation i got error <br><b>atomtye CH3 not found</b>.<br><br>please help me with your answer..<br>
<br>Thanking you,<br><br><br>