<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 12/24/2011 10:40 PM, leila karami wrote:

    <blockquote

cite="mid:CAA=8PuttDBsubU4U2X0tn-LGhqJqiES6qyNCHOOSCHDqYumo2A@mail.gmail.com"

      type="cite">Dear gromacs users<br>

      <br>

      I would like to calculate the standard deviation (as the error

      bar) for rmsd.xvg file.<br>

      <br>

      If rmsd.xvg was used in excel software, it gives a graph as rmsd

      vs time. I want to have a file containing rmsd vs time<br>

      <br>

      and error bar relating to rmsd values such that after plotting by

      excel it give rmsd vs time and error bar.<br>

    </blockquote>

    <br>

    The RMS deviation in atomic coordinates between a reference and

    other state is an exact quantity. There's no statistical error to

    plot.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

cite="mid:CAA=8PuttDBsubU4U2X0tn-LGhqJqiES6qyNCHOOSCHDqYumo2A@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      I have tried using g_analyze:<br>

      <br>

      In this tool, is -av mandatory?<br>

      <br>

      g_analyze -av average.xvg -errbar stddev -f rmsd.xvg<br>

      <br>

      It gives me only a average.xvg file and at the end<br>

      <br>

      <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

      &nbsp;&nbsp; std. dev.&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; relative deviation of<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; standard&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;

      ---------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; cumulants from those of<br>

      set&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; deviation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

      sqrt(n-1)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; a Gaussian distribition<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;

      &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; cum. 3&nbsp;&nbsp; cum. 4<br>

      SS1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.215937e-01&nbsp; &nbsp;&nbsp; 5.472631e-02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.739468e-04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;

      &nbsp;&nbsp; -0.296&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.083<br>

      <br>

      <br>

      how to access error bar values?<br>

      <br>

      any help will highly appreciated.<br>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  <br />-- 

<br />This message has been scanned for viruses and

<br />dangerous content by

<a href="http://www.mailscanner.info/"><b>MailScanner</b></a>, and is

<br />believed to be clean.

</body>

</html>