Dear All,<br><div class="gmail_quote"><div class="gmail_quote">
<br>
I have a problem running gromacs for a oligosaccharide. it has 14<br>
units sugars containing glucose, mannose and N-acetyl glucosamine<br>
units. I want to do MD simulations for this with opls aa force field.<br>
For this I have generated the .itp files using topolgen (edited the<br>
atoms according to the opls atoms types) but when I am executing<br>
grompp command the following error comes up:<br>
<br>
ERROR 226 [file 901opls.itp, line 2897]:<br>
  No default Ryckaert-Bell. types<br>
ERROR 227 [file 901opls.itp, line 2902]:<br>
  No default Ryckaert-Bell. types<br>
ERROR 228 [file 901opls.itp, line 2903]:<br>
  No default Ryckaert-Bell. types<br>
ERROR 229 [file 901opls.itp, line 2904]:<br>
  No default Ryckaert-Bell. types<br>
<br>
Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;DRG&#39;<br>
<br>
NOTE 1 [file 901opls.top, line 19]:<br>
  System has non-zero total charge: -2.177100e+01<br>
<br>
processing coordinates...<br>
double-checking input for internal consistency...<br>
renumbering atomtypes...<br>
converting bonded parameters...<br>
<br>
There was 1 note<br>
<br>
------------------------------<div class="gmail_quote">-------------------------<br>
Program grompp_d, VERSION 4.0.5<br>
Source code file: grompp.c, line: 986<br>
<br>
Fatal error:<br>
There were 229 errors in input file(s)<br>
<br>
These are the lines of the dihedrals in .itp file <br>
<br>
I do not understand what to do next. Please help me resolve this problem<br>
and also educate me how to assign opls forcefield to carbohydrates for<br>
MD simulations. Thank you in advance.<br>
<br>
AshaLatha Sreshty<br>
Molecular Sciences Laboratory<br>
National Institute of Immunology<br>
New Delhi, India</div>
<br></div><br>
</div><br>