Good morning, Mark!<br><br>How do I officially  request this as a feature of the next version of GROMACS? Post to the developers' forum?<br><br>Thanks,<br><br>Inon.<br><br>On Saturday, December 24, 2011 12:24:11 PM UTC+2, Mark Abraham wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 12/24/2011 6:23 PM, Inon Sharony wrote:
    <blockquote type="cite">
      
      
      <p style="direction:ltr">Good morning!</p>
      <p style="direction:ltr">I'm running GMX 4.5.4 using the sd
        integrator and I'm trying to couple only some of my T-couple
        groups to thermal reservoirs, i.e. I'd like to have at least one
        group for which tau_T=0. However, grompp gives me an error
        saying tau=0 is not acceptable with sd. I do not run into any
        such problems when using the vv-avek integrator with Nosé-Hoover
        thermostat.<br>
      </p>
    </blockquote>
    <br>
    The "T-coupling" inherent with SD and that used with MD are
    implemented in different ways, and the configurability of the latter
    does not apply to the former.<br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <p style="direction:ltr"> </p>
      <p style="direction:ltr">Clearly, what I want is that for the
        group/s with tau_T=0, the integration would actually simplify to
        the md integrator. Can the code be altered to accept tau_T=0 for
        some T-couple groups while using the sd integrator (just as is
        accepted by the vv-avek integrator with the Nosé-Hoover
        thermostat)?</p>
    </blockquote>
    <br>
    I guess it probably could be altered along these lines, but you'd
    have to have considered the contents of src/mdlib/update.c carefully
    to make a real judgement about that.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
  <br>-- 
<br>This message has been scanned for viruses and
<br>dangerous content by
<a href="http://www.mailscanner.info/" target="_blank"><b>MailScanner</b></a>, and is
<br>believed to be clean.
</div>

</blockquote>