Dear GMX users,<br>I want to prepare an .itp for a new molecule ( like fifth gromacs tutorial).<br>1 ) I applied PRODRG to create its drg.itp.<br>2 ) Now I want to correct its partial atomic charge.<br><br>As I have red in a paper (<a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci100335w">http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci100335w</a>) I have to do thermodynamic integration for example solvation free energy of this molecule in water to correct its charges.<br>
The molecule is lidocain<br>My question is how can I accept my free energy calculation results while I dont have any experimental date to comparison?<br><br>Thanks a lot in advance.<br>P.Haghighi<br>