Dear all<br>I am starting some MD simulations aimed to calculate the volume of a solute in water as a function of the concentration. First I ran a simulation of a box with 4124 SPC water molecules (similar number of molecules that will be later used with my solute) for which I got the following results after ~7.5 ns:<br>
<br>Statistics over 3762001 steps [ 0.0000 thru 7524.0005 ps ], 3 data sets<br>All averages are exact over 3762001 steps<br><br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>
Temperature                     298    125.156    125.156 1.9202e-05   0.144476<br>Volume                      126.908    53.2917    53.2917 5.61522e-06  0.0422489<br>Density (SI)                972.142    408.201    408.201 -4.30887e-05  -0.324199<br>
Heat Capacity Cv:      16.9588 J/mol K (factor = 0.176389)<br>Isothermal Compressibility:   0.543909 /bar<br>Adiabatic bulk modulus:        1.83854  bar<br><br>Why am I obtaining so low density? The density seems to be constant over that timescale.<br>
<br>This is my mdp file:<br><br>constraints         =  all-bonds <br>integrator          =  md        <br>dt                  =  0.002     <br>nsteps              =  2500000    <br><br>nstxout             =  5000     <br>
nstvout             =  50000   <br>nstenergy           =  1000    <br>nstxtcout           =  5000    <br>energygrps          =  SOL     <br>nstlist             =  5        <br>                <br>ns_type             =  grid     <br>
rlist               =  1.2     <br>rcoulomb            =  1.2     <br>rvdw                =  1.2      <br>coulombtype         =  PME      <br>fourierspacing      =  0.15    <br>pme_order           =  4       <br>ewald_rtol          =  1e-5     <br>
optimize_fft        =  yes<br><br>Tcoupl              =  nose-hoover <br>tau_t               =  0.1  <br>tc-grps             =  SOL<br>ref_t               =  298 <br><br>Pcoupl              =  Parrinello-Rahman<br>tau_p               =  0.5      <br>
compressibility     =  4.5e-5  <br>ref_p               =  1.0     <br>pcoupltype          =  isotropic <br><br>gen_vel             =  yes<br>gen_temp            =  298<br>gen_seed            =  -1<br><br><br>Thanks in advance for any help...<br>