Dear Justin,<br>Thank you very much for your response.<br>I have another question to continue my calculations.<br><br>To correct charges and charge groups I have to:<br>1) seprate the molecule to functional groups<br>2) some of these functional groups are already exist in selected force field ( in aminoacid.rtp) with their charges, so as you said in fifth tutorial<font face="Arial"><font size="3">  &quot;life is pretty easy&quot;<br>
</font></font>3) for new functional groups I have to:<br><br>  i) do QM calculation<br> ii) calculate free energy of solvation or logP<br>iii) compare simulation results with experimental data<br><br>my questions are when my simulation results do not have any consistence with experimental data, how can I modify new functional groups? and how can I decide which one of atoms have improper charge?<font face="Arial"><font size="3"><br>
<br></font></font>Thanks a lot in advance.<br>P.Haghighi<font face="Arial"><font size="3"><br></font></font>