Hey Mark, thanks for your help. It was extremely useful, now it&#39;s solved and running XD.<div><br></div><div>Nice year friend :)</div><div><br></div><div>Willian Felix<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 31, 2011 at 10:36 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 31/12/2011 11:58 PM, Willian Pereira Felix wrote:
    <blockquote type="cite">Hello buddies,
      <div><br>
      </div>
      <div>I&#39;m a very beginner in gromacs and I just got a trick but
        simple situation (for you :D). After the installation of my
        gromacs on ubuntu 11.10 I opened the .bashrc file and put the
        following code in the following place as instructed by
        installation session on the webpage:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>
        <div>.BASHRC file</div>
        <div># Add an &quot;alert&quot; alias for long running commands.  Use like
          so:</div>
        <div>#   sleep 10; alert</div>
        <div>alias alert=&#39;notify-send --urgency=low -i &quot;$([ $? = 0 ]
          &amp;&amp; echo terminal || echo error)&quot; &quot;$(history|tail
          -n1|sed -e
          &#39;\&#39;&#39;s/^\s*[0-9]\+\s*//;s/[;&amp;|]\s*alert$//&#39;\&#39;&#39;)&quot;&#39;</div>
        <div><br>
        </div>
        <div># Alias definitions.</div>
        <div># You may want to put all your additions into a separate
          file like</div>
        <div># ~/.bash_aliases, instead of adding them here directly.</div>
        <div># See /usr/share/doc/bash-doc/examples in the bash-doc
          package.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>if [ -f ~/.bash_aliases ]; then</div>
        <div>    . ~/.bash_aliases</div>
        <div>fi</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>#this should be an access to gromacs</div>
        <div><font style="background-color:rgb(0,0,0)" color="#ffff33">source
            . /usr/local/gromacs/bin/GMXRC</font></div>
      </div>
    </blockquote>
    <br></div>
    &quot;source&quot; and dot are synonyms... use only one, as instructed here: <a href="http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Getting_access_to_GROMACS_after_installation" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions#Getting_access_to_GROMACS_after_installation</a>.
    This &quot;includes&quot; the contents of that file into the rc file, and
    propagates the changes to the calling shell.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span><div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <div>
        <div><br>
        </div>
        <div># enable programmable completion features (you don&#39;t need
          to enable</div>
        <div># this, if it&#39;s already enabled in /etc/bash.bashrc and
          /etc/profile</div>
        <div># sources /etc/bash.bashrc).</div>
        <div>
          if [ -f /etc/bash_completion ] &amp;&amp; ! shopt -oq posix;
          then</div>
        <div>    . /etc/bash_completion</div>
        <div>fi</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I already tried using . /usr/local/gromacs/GMXRC in the begin
        and also just  /usr/local/gromacs/GMXRC (without the point) and
        even thereafter I couldn&#39;t run the program. Unfortunately I
        really don&#39;t know what to do I&#39;ve already read the final
        installation instructions many times and tried to google
        something related but I had no luck.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Please someone can provide me some light on this issue??</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks all of you.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Willian Felix </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br></div>