Dear GMX usesr,<br><br>I have to do charge fitting for a small molecule like ethanol.<br>I have applied PRODRG to generate .gro and .itp for ethanol but it has wrong atomic charge.<br>To correct it I have to use gromos 43a1 force field parameters to assign charges on each atom (Is it right?) <br>
<br>I have red a paper ( Practical Considerations for Building GROMOS-Compatible Small-Molecule Topologies<br>Justin A. Lemkul, William J. Allen, and David R. Bevan*) about this issue. In this paper they assign these value to each atom:<br>
<br>H3C     0.000<br>CH2     0.150<br>O        -0.548<br>H         0.398<br><br>My question is:<br>In a gromos 43a1 force field and in .rtp file for CH3 in ALA and TMP:<br><br>[ ALA ]<br> [ atoms ]<br>    N     N    -0.28000     0<br>
    H     H     0.28000     0<br>  <u> <b>CA   CH1     0.00000     1<br>   CB   CH3     0.00000     1</b></u><br>    C     C       0.380     2<br>    O     O      -0.380     2<br><br>[ TMP ]<br> [ atoms ]<br>   N1    NR    -0.36000     0<br>
   C2     C     0.36000     0<br>  NA2    NT    -0.83000     1<br>.<br>.<br>.<br><u><b> CM13   CH3     0.18000     6</b></u><br>  C15     C     0.18000     7<br>  O15    OA    -0.36000     7<br><b><u> CM15   CH3     0.18000     7</u></b><br>
  C14     C     0.18000     8<br>  O14    OA    -0.36000     8<br><b><u> CM14   CH3     0.18000     8</u></b><br><br>and for atom O I have same problem:<br><br>[ ADE ]<br> [ atoms ]<br>    P     P     0.99000     0<br>  O1P    OM    -0.63500     0<br>
  O2P    OM    -0.63500     0<br> <b><u> O5*    OA    -0.36000     0</u></b><br>  C5*   CH2     0.00000     1.<br>.<br>.<br><br> <b><u> O2*    OA    -0.54800     8</u></b><br>  H2*     H     0.39800     8<br>  C3*   CH1       0.000     9<br>
 <b><u> O3*    OA      -0.360    10</u></b><br><br>So I am confused which one of these charges must be considered as a correct charge when I dont have a reference like mentioned paper?<br><br>Thanks in advance.<br>P.Haghighi<br>