Dear members of gromacs<br>

<br>

I have several questions.<br>

<br>

I have been working on the diffusion problem (diffusing particles diffuse into the zeolite).<br>

<br>

Although I have successfully obtained the output file, there are problems for analyzing it.<br>

<br>

My questions are<br>

<br>

1) I have to calculate diffusion coefficient using g_msd. To my 
knowledge, the directional diffusion coefficient can be acquired by 
-type -z (for example). <br>

But, it seems that the plot of MSD using g_msd is the result of 3 dimensionally averaged MSD but not z direction.<br>

How can I produce the MSD graph which has only uni-directional 
information. (ignore x, y displacement. only account for z-directional 
displacement) <br>

<br>

2) There are 20-30 particles as diffusing particles. g_msd, of course, 
compute the averaged MSD for whole particles. Is it true??<br>

Then, how can I obtain the MSD graph for only single particle ?? <br>

<br>

3) in mdp file, there is option for periodic_molecules. I couldn&#39;t understant how it is working. <br>

In my system ( assumed to be infinite zeolite), do I have to set the periodic_molecules = yes ???<br>

<br>

please help... <br>

<br>

Thank you for reading this lengthy story.  <br>