<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 5/01/2012 12:07 PM, anu raj wrote:

    <blockquote

cite="mid:CADmQX6AS23DdpZfF0gE1X+iFMmmF_aX44KyCTkuTGk57sv9q4Q@mail.gmail.com"

      type="cite"><span class="Apple-style-span"

        style="font-family:Times;font-size:medium">

        <pre>Dear users,

Force field: 53a6

water model: spcTermini : NH3+ and COO-</pre>

        <pre>After the command:<span class="Apple-style-span" style="font-family:Helvetica;white-space:normal"><span class="Apple-style-span" style="font-size:small">pdb2gmx -f ${MOL}.pdb -o ${MOL}.gro -p ${MOL}.top -ter -merge -ignh</span></span>

I have the following error:

Fatal error:

Atom LPG1 in residue CYS 143 was not found in rtp entry CYSH with 8 atoms

while sorting atoms.

What is the appropriate atom type corresponding to LPG1 and LPG2 for cysteine?</pre>

      </span></blockquote>

    <br>

    Are they even atoms? What are they doing in a cysteine?<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>