<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 5/01/2012 3:37 AM, Rashek Kazi wrote:
    <blockquote
cite="mid:CANvv1W60LzWX9DfmMKuzfTE3foRMeBcKO6Mo05Gf45YEkeeS1A@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Mark (and all),
      <div><br>
      </div>
      <div>Yes the issue for me turned out to be the version of FFTW I
        was using. The installation instructions must be different for
        the most recent FFTW-3.3 build but I lack the programming
        knowledge to know how to make this work.</div>
    </blockquote>
    <br>
    I rather suspect there is no significant difference in how to build
    FFTW 3.3 or 3.2 on any platform.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CANvv1W60LzWX9DfmMKuzfTE3foRMeBcKO6Mo05Gf45YEkeeS1A@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>In summary: I was unable to install Gromacs-4.5.5 using
        FFTW-3.3 so I downgraded back to FFTW-3.2.2 and everything
        installed smoothly on Cygwin.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks for all the help, I will try and contribute this
        information to be put up on the Gromacs site/wiki.<br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Thanks for the thought, but I'd be amazed if your observations were
    consistent with an actual FFTW-on-Cygwin issue rather than some
    inconsistency in how your build processes were working. Occam's
    razor applied to new users...<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CANvv1W60LzWX9DfmMKuzfTE3foRMeBcKO6Mo05Gf45YEkeeS1A@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>
        <br>
        <div class="gmail_quote">On Tue, Jan 3, 2012 at 5:53 PM, Mark
          Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
          wrote:<br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0
            .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
            <div text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
              <div>
                <div class="h5"> On 4/01/2012 5:04 AM, Rashek Kazi
                  wrote:
                  <blockquote type="cite">Hi Mark (and all)
                    <div><br>
                    </div>
                    <div>Thanks for the response. I ran ./configure
                      --disable-threads this time. ./configure went fine
                      but again upon doing Make I have received a new
                      error:</div>
                    <div><br>
                    </div>
                    <div>
                      <div>Creating library file: .libs/libmd.dll.a</div>
                      <div>.libs/fft5d.o:fft5d.c:(.text+0x140f):
                        undefined reference to `_fftwf_plan_guru_d &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ft'</div>
                      <div>.libs/fft5d.o:fft5d.c:(.text+0x18d1):
                        undefined reference to `_fftwf_plan_guru_d &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ft_r2c'</div>
                      <div>.libs/fft5d.o:fft5d.c:(.text+0x194b):
                        undefined reference to `_fftwf_plan_guru_d &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ft_c2r'</div>
                      <div>.libs/fft5d.o:fft5d.c:(.text+0x1aef):
                        undefined reference to `_fftwf_execute'</div>
                      <div>.libs/fft5d.o:fft5d.c:(.text+0x2133):
                        undefined reference to `_fftwf_execute'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x4a):

                        undefined reference to `_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        wf_malloc'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x67):

                        undefined reference to `_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        wf_malloc'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x84):

                        undefined reference to `_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        wf_malloc'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0xf4):

                        undefined reference to `_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        wf_plan_many_dft'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x14e):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_plan_many_dft'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x1a5):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_plan_many_dft'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x1fc):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_plan_many_dft'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x253):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_plan_many_dft'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2aa):
                        more undefined references t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; o
                        `_fftwf_plan_many_dft' follow</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x3b1):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_free'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x3bd):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_free'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x3e7):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_free'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x3ef):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_free'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x461):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_destroy_plan'</div>
                      <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x476):

                        undefined reference to `_ff &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                        twf_destroy_plan'</div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>this continues for a long time and then I get
                        the error at the bottom:</div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>
                        <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2be1):

                          undefined reference to `_f &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          ftwf_destroy_plan'</div>
                        <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2bf7):

                          more undefined references &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;to
                          `_fftwf_destroy_plan' follow</div>
                        <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2c37):

                          undefined reference to `_f &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          ftwf_free'</div>
                        <div>.libs/gmx_fft_fftw3.o:gmx_fft_fftw3.c:(.text+0x2d17):

                          undefined reference to `_f &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
                          ftwf_free'</div>
                        <div>collect2: ld returned 1 exit status</div>
                        <div>Makefile:387: recipe for target `<a
                            moz-do-not-send="true"
                            href="http://libmd.la" target="_blank">libmd.la</a>'
                          failed</div>
                        <div>make[3]: *** [<a moz-do-not-send="true"
                            href="http://libmd.la" target="_blank">libmd.la</a>]
                          Error 1</div>
                        <div>make[3]: Leaving directory
                          `/home/MPrieto/gromacs-4.5.5/src/mdlib'</div>
                        <div>Makefile:302: recipe for target
                          `all-recursive' failed</div>
                        <div>make[2]: *** [all-recursive] Error 1</div>
                        <div>make[2]: Leaving directory
                          `/home/MPrieto/gromacs-4.5.5/src'</div>
                        <div>Makefile:238: recipe for target `all'
                          failed</div>
                        <div>make[1]: *** [all] Error 2</div>
                        <div> make[1]: Leaving directory
                          `/home/MPrieto/gromacs-4.5.5/src'</div>
                        <div>Makefile:347: recipe for target
                          `all-recursive' failed</div>
                        <div>make: *** [all-recursive] Error 1</div>
                      </div>
                      <div><br>
                      </div>
                      <div>looks like a different set of errors here. Do
                        you think it might have to do with using
                        FFTW-3.3?</div>
                    </div>
                  </blockquote>
                  <br>
                </div>
              </div>
              Yes. Configure thought it found FFTW3, but now you can't
              link to it. See the general installation instructions for
              the right kind of approach.<span class="HOEnZb"><font
                  color="#888888"><br>
                  <br>
                  Mark<br>
                  <br>
                </font></span></div>
            <br>
            --<br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the<br>
            www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
        <br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        Rashek Kazi<br>
        GS 2<br>
        MSTP Candidate<br>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>