<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am setting up the simulation of a protein attached to the half of a nanotube. I set up my system and formed my box and solvated it in TIP3P water. Water molecules obviously were also placed below the part of a nanotube where I do not want them to be. Is there any command which will solvate my system below the surface of the nanotube? Or maybe is there any command or a software that will allow me to remove those unwanted water molecules? I have aroun 26000 water molecules in my system and around 5000 below my nanoutube so with editor it could take ages. Any suggestions?</div>

<div> </div>
<div>Thank you,</div>
<div> </div>
<div>Steven</div>