<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 4/01/2012 7:12 PM, Kiwoong Kim wrote:
    <blockquote
cite="mid:CALmcptDOgn7w3ifZtD-V1PcSyxkg=Hbw5gaiK8L-xxfBKfNQ5w@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear members of gromacs<br>
      <br>
      I have several questions.<br>
      <br>
      I have been working on the diffusion problem (diffusing particles
      diffuse into the zeolite).<br>
      <br>
      Although I have successfully obtained the output file, there are
      problems for analyzing it.<br>
      <br>
      My questions are<br>
      <br>
      1) I have to calculate diffusion coefficient using g_msd. To my
      knowledge, the directional diffusion coefficient can be acquired
      by -type -z (for example). <br>
    </blockquote>
    <br>
    I doubt that "-z" is an acceptable argument. Use "z".<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CALmcptDOgn7w3ifZtD-V1PcSyxkg=Hbw5gaiK8L-xxfBKfNQ5w@mail.gmail.com"
      type="cite">
      But, it seems that the plot of MSD using g_msd is the result of 3
      dimensionally averaged MSD but not z direction.<br>
      How can I produce the MSD graph which has only uni-directional
      information. (ignore x, y displacement. only account for
      z-directional displacement) <br>
      <br>
      2) There are 20-30 particles as diffusing particles. g_msd, of
      course, compute the averaged MSD for whole particles. Is it true??<br>
      Then, how can I obtain the MSD graph for only single particle ?? <br>
    </blockquote>
    <br>
    g_msd will work on whatever set of atoms you choose. You may wish to
    make some custom index groups.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CALmcptDOgn7w3ifZtD-V1PcSyxkg=Hbw5gaiK8L-xxfBKfNQ5w@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      3) in mdp file, there is option for periodic_molecules. I couldn't
      understant how it is working. <br>
      In my system ( assumed to be infinite zeolite), do I&nbsp;have to set
      the periodic_molecules = yes ???<br>
    </blockquote>
    <br>
    Only if you have covalent bonds in a molecule whose topology is
    infinite. See manual 7.3.9<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CALmcptDOgn7w3ifZtD-V1PcSyxkg=Hbw5gaiK8L-xxfBKfNQ5w@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <br>
      please help... <br>
      <br>
      Thank you for reading this lengthy story.&nbsp; <br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>