<div dir="ltr"><div>Dear Peter and Krzyszto,</div><div> </div><div>Thank you. I am following your comments. If I get any problem I will come back.</div><div> </div><div><br><br> </div><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 6, 2012 at 2:18 PM, Peter C. Lai <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote">
He must be using an older version of Gromacs. 4.5.4 and lower don&#39;t have<br>
ACE in charmm27.<br>
<div><div><br>
On <a href="tel:2012-01-06%2012" target="_blank" value="+12012010612">2012-01-06 12</a>:59:56PM -0600, Krzysztof Kuczera wrote:<br>
&gt; Here is the blocking group from<br>
&gt; gromacs-4.5.5/share/top/charmm27.ff/aminoacids.rtp<br>
&gt; KK<br>
&gt;<br>
&gt; [ ACE ]<br>
&gt;   [ atoms ]<br>
&gt;          CH3     CT3     -0.270  0<br>
&gt;          HH31    HA      0.090   1<br>
&gt;          HH32    HA      0.090   2<br>
&gt;          HH33    HA      0.090   3<br>
&gt;          C       C       0.510   4<br>
&gt;          O       O       -0.510  5<br>
&gt;   [ bonds ]<br>
&gt;          C       CH3<br>
&gt;          C       +N<br>
&gt;          CH3     HH31<br>
&gt;          CH3     HH32<br>
&gt;          CH3     HH33<br>
&gt;          O       C<br>
&gt;   [ impropers ]<br>
&gt;          C       CH3     +N      O<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 1/6/12 12:40 PM, Peter C. Lai wrote:<br>
&gt; &gt; Corrected bonds section (sorry been up all night)<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;   [ ACE ]<br>
&gt; &gt;    [ atoms ]<br>
&gt; &gt;      CH3        CT3    -0.27    0<br>
&gt; &gt;      HH31     HA      0.09    1<br>
&gt; &gt;      HH32     HA      0.09    2<br>
&gt; &gt;      HH33     HA      0.09    3<br>
&gt; &gt;      C        C       0.51    4<br>
&gt; &gt;      O        O      -0.51    5<br>
&gt; &gt;    [ bonds ]<br>
&gt; &gt;      CH3    HH31<br>
&gt; &gt;      CH3    HH32<br>
&gt; &gt;      CH3    HH33<br>
&gt; &gt;      CH3    C<br>
&gt; &gt;      C      O<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;   Surprisingly, an .hdb entry for ACE exists so you don&#39;t need to create one.<br>
&gt; &gt; (and the .hdb entry uses HH3 as the base hydrogen name in ACE)<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; On <a href="tel:2012-01-06%2012" target="_blank" value="+12012010612">2012-01-06 12</a>:23:49PM -0600, Peter C. Lai wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Gromos96 53A6 has it.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; On <a href="tel:2012-01-06%2001" target="_blank" value="+12012010601">2012-01-06 01</a>:18:38PM -0500, Dariush Mohammadyani wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I tried charmm27 too.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Error:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Residue &#39;ACE&#39; not found in residue topology database<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I tried all forcefield in the list provided by &quot;pdb2gmx&quot;, but non of them<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; works.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Dariush<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; On Thu, Jan 5, 2012 at 1:42 PM, Robert Hamers&lt;<a href="mailto:rjhamers@wisc.edu" target="_blank">rjhamers@wisc.edu</a>&gt;  wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;     HEME is in the charmm27 force field.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; bob h.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On 1/5/2012 12:00 PM, Dariush Mohammadyani wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Yes, I have PDB file (1HRC.pdb). However, when I try to use &quot;pdb2gmx&quot; I<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; get this error:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Residue &#39;HEM&#39; not found in residue topology database<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; and HEM is Iron ion inside this protein. I do not know which forcefield is<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; proper to use. I also tried MARTINI force field according their website; I<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; used martinize.py script; Again I got error.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Regards,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Dariush<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; On Thu, Jan 5, 2012 at 11:51 AM, Justin A. Lemkul&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;  wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Dariush Mohammadyani wrote:<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Hi all,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Has anybody made initial configuration for Cytochrom C? Can it be shared<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; with me?<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;   There are several in the PDB.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; -Justin<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Virginia Tech<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" target="_blank" value="+15402319080">(540) 231-9080</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; ========================================<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Robert J. Hamers<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Wisconsin Distinguished Professor<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Univ. of Wisconsin-Madison<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 1101 University Avenue<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Madison, WI 53706<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; Ph: <a href="tel:608-262-6371" target="_blank" value="+16082626371">608-262-6371</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;   Web: <a href="http://hamers.chem.wisc.edu" target="_blank">http://hamers.chem.wisc.edu</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Kind Regards,<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Dariush Mohammadyani<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Department of Structural Biology<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; University of Pittsburgh School of Medicine<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Biomedical Science Tower 3<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; 3501 Fifth Avenue<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Pittsburgh, PA 15261<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; USA<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; ==================================================================<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Peter C. Lai                      | University of Alabama-Birmingham<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Programmer/Analyst                | KAUL 752A<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Genetics, Div. of Research        | 705 South 20th Street<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>                       | Birmingham AL 35294-4461<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="tel:%28205%29%20690-0808" target="_blank" value="+12056900808">(205) 690-0808</a>                  |<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; ==================================================================<br>
&gt; &gt;&gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt;&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt; ==================================================================<br>
&gt; &gt;&gt; Peter C. Lai                       | University of Alabama-Birmingham<br>
&gt; &gt;&gt; Programmer/Analyst         | KAUL 752A<br>
&gt; &gt;&gt; Genetics, Div. of Research | 705 South 20th Street<br>
&gt; &gt;&gt; <a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>                        | Birmingham AL 35294-4461<br>
&gt; &gt;&gt; <a href="tel:%28205%29%20690-0808" target="_blank" value="+12056900808">(205) 690-0808</a>                   |<br>
&gt; &gt;&gt; ==================================================================<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; --<br>
&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; &gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; &gt;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; &gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; &gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; &gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Krzysztof Kuczera<br>
&gt; Professor<br>
&gt; Departments of Chemistry and Molecular Biosciences<br>
&gt; The University of Kansas<br>
&gt; 2010 Malott Hall<br>
&gt; Lawrence, KS 66045<br>
&gt; Tel: <a href="tel:785-864-5060" target="_blank" value="+17858645060">785-864-5060</a> Fax: <a href="tel:785-864-5396" target="_blank" value="+17858645396">785-864-5396</a> email: <a href="mailto:kkuczera@ku.edu" target="_blank">kkuczera@ku.edu</a><br>

&gt; <a href="http://oolung.chem.ku.edu/~kuczera/home.html" target="_blank">http://oolung.chem.ku.edu/~kuczera/home.html</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
--<br>
==================================================================<br>
Peter C. Lai                    | University of Alabama-Birmingham<br>
Programmer/Analyst              | KAUL 752A<br>
Genetics, Div. of Research      | 705 South 20th Street<br>
<a href="mailto:pcl@uab.edu" target="_blank">pcl@uab.edu</a>                     | Birmingham AL 35294-4461<br>
<a href="tel:%28205%29%20690-0808" target="_blank" value="+12056900808">(205) 690-0808</a>                        |<br>
==================================================================<br>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr"><div>Kind Regards,<br>Dariush Mohammadyani<br>Department of Structural 
Biology<br>University of Pittsburgh School of Medicine<br>Biomedical Science 
Tower 3<br>3501 Fifth Avenue<br>Pittsburgh, PA 15261<br>USA</div></div><br>
</div>