<p>Hi Priya,</p>
<p>Does it help if you set</p>
<p>tcoupl = v-rescale</p>
<p>Please read the manual, follow a tutorial properly, and think about what you&#39;re doing and what you get out.</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Jan 7, 2012 8:54 AM, &quot;priya thiyagarajan&quot; &lt;<a href="mailto:priya.thiyagarajan09@gmail.com">priya.thiyagarajan09@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><br>hello sir,<br><br>i followed lysozyme tutorial to do dynamics for my protein..<br>
<br>but at the end of NVT equilibration, my temperature is  at 243K.. but i set 300K to my mdp file ..<br><br>mine is not getting equilibrium condition..<br>
<br> this is my nvt.mdp file<br><br><br>title           =GROMOS43a1 lipopeptide NVT equilibration<br>define          = -DPOSRES      ; position restrain the protein<br>
; Run parameters<br>integrator      = md            ; leap-frog integrator<br>nsteps          = 100000                ; 2 * 100000 = 200 ps<br>dt              = 0.002         ; 2 fs<br>; Output control<br>nstxout         = 100           ; save coordinates every 0.2 ps<br>


nstvout         = 100           ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy       = 100           ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog          = 100           ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation    = no            ; first dynamics run<br>


constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints<br>constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter      = 1     ; accuracy of LINCS<br>lincs_order     = 4             ; also related to accuracy<br>


; Neighborsearching<br>ns_type         = grid          ; search neighboring grid cells<br>nstlist         = 5             ; 10 fs<br>rlist           = 1.0           ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb        = 1.0           ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>


rvdw            = 1.0           ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype     = PME           ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>pme_order       = 4             ; cubic interpolation<br>


fourierspacing  = 0.16          ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl          = No    ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps         = DRG   SOL     ; two coupling groups - more accurate<br>


tau_t           = 0.1   0.1     ; time constant, in ps<br>ref_t           = 300   300     ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is off<br>pcoupl          = no            ; no pressure coupling in NVT<br>


; Periodic boundary conditions<br>pbc             = xyz           ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr        = EnerPres      ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel         = yes           ; assign velocities from Maxwell distribution<br>


gen_temp        = 300           ; temperature for Maxwell distribution<br>gen_seed        = -1            ; generate a random seed<br><br><br>may i know what is the reason..<br><br>initially i did nvt for 100ps but i didnt get equil temperature.<br>

then i increased my time to 200ps.. still i am not getting..<br><br><br><br><br>help me with your answer..<br>
<br>Thanking you,
<br>--<br>
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