<br clear="all">Dear all,<br><br>I am trying to calculate structure factor or 
scattering density of a polymer in solution. The only tool I know is 
g_rdf -f .trr -s tpr. -sq  -n index <br><br>I provide an index file with
 System, Polymer (atoms numbers of all polymers) and Solvent (all 
solvent molecules) groups.<br><br>-startq      real   0       Starting q (1/nm) <br>-endq        real   60      Ending q (1/nm)<br>-energy      real   12      Energy of the incoming X-ray (keV) <br><br>Are the calculations based on the 12  (keV) energy of the incoming x-ray?<br>

<br>1- I am wondering whether I should use System to obtain scattering denisty of the system or subgroups of polymer and solvent?<br><br>2-
 What is the difference between S(q) and scattering density? I guess in 
the command above, -sq gives S(q). How do I get scattering density then?<br>
<br>3- Is there any other quantity related to structure factor that gromacs can estimate?<br><br><br>I appreciate your time and patience. <br>Best,<br><br>Thanks,<br>J. N.<br><br>