<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>My system includes: ions, water, two tubes made of carbon atoms, protein.</div>
<div>I would like to run NVT (and then NPT) with position restarined dynamics of my protein and tubes.</div>
<div>I am wondering whether this approach is good (two coupling groups: Protein_Tubes and Water_and_ions??</div>
<div> </div>
<div>My thermostat in mdp file:</div>
<div> </div>
<div><span lang="EN"> Temperature coupling is on</span></div>
<div>
<p>tcoupl = V-rescale ; </p>
<p>tc_grps = Protein_<font size="1" face="Courier New"><font size="1" face="Courier New"><span lang="EN-GB">Tubes</span></font></font><font size="1"><span lang="EN"> Water_and_ions ; two coupling groups </span></font></p>

<p><font size="1"><span lang="EN">tau_t = 0.1 0.1 ; time constant</span></font></p>
<p><font size="1"><span lang="EN">ref_t = 298 298 ; reference temperature</span></font></p>
<p>Please, let me know whether this apporach is ok. How can I set tc_grps when I want to add ligand?</p>
<p>Steven</p></div>