Dear Sir,<div><br></div><div>I am new user in Gromacs. I am using Gromacs  for protein-ligand complex.</div><div>If I am not wrong MD simulation have three part.</div><div>1. Energy Minimization</div><div>2. Equilibration  phase</div>
<div>3. Production phase</div><div><br></div><div>After EM minimization we run Equilibration using (NVT &amp; NPT ensemble).</div><div><br></div><div>I have little sily question in MD simulation.</div><div><br></div><div>
1. In Protein-Ligand complex compulsory we have to run NVT &amp; NPT ensemble ?</div><div><br></div><div>2 shall we run without NPT ensemble MD production phase ?</div><div><br></div><div>3. If we use both ensemble in production phase system might be NVPT like during production phase.</div>
<div><br></div><div>4. If we run only without NPT ensemble during production phase its affect MD simulation ?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks and Regards,      </div><div><br></div><div>  </div><div><br clear="all">
<div><br></div>-- <br><div>-----------------------------------------------------------------</div>Haresh Ajani<br>09925522578<br><br><br>
</div>