Hi,<br><br><span lang="en"><span>But I want to calculate the hydrogen bonds between A and B groups.</span></span> If I do as you said, I will have calculated intra hydrogen bonds of a group AB (merged A and B).<br><br><br>
<div class="gmail_quote">2012/1/10 Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div class="HOEnZb"><div class="h5">On 10/01/2012 7:13 PM, ahmet yıldırım wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear users,<br>
<br>
I created two different index files (A.ndx and B.ndx). I want to run the two files at the same time.<br>
e.g.<br>
g_hbond -f traj.xtc -s run.tpr -num A-B.xvg -n A.ndx -n B.ndx<br>
where, I want to calculate the hydrogen bonds between A and B.<br>
This command is giving the error as it expected. &quot;Gromacs tools do not support multi file input for index files&quot; from <a href="http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/users/oliver/software/GromacsWrapper/html/gromacs/core/tools.html" target="_blank">http://sbcb.bioch.ox.ac.uk/<u></u>users/oliver/software/<u></u>GromacsWrapper/html/gromacs/<u></u>core/tools.html</a>. Is this correct? If no, what should I do?<br>

</blockquote>
<br></div></div>
You can put your two groups in the same index file.<br>
<br>
Run make_ndx and quit to see the format for index.ndx that it generates by default. You can do that too.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Mark<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet Yıldırım<br><br>