Dear user, <br><br>I simulated a homodimer of 238aa each with oplsaa forcefield <br>using gromacs-4.5.3. But while calculating the rmsf plot I got a <br>plot in which starting and ending residue were connected by a <br>straight line along with the actual rmsf plot. Also the two rmsf <br>
plots that it gave were slightly different from each other in few<br>regions. I was expecting similar rmsf for both the monomers.<br>I checked the pdb file generated after md run, it did not have chain<br>ID but two chains were present. <br>
<br>Kindly let me know what is wrong with rmsf? Or what is wrong with<br>simulation.<br><br>Thanking you<br>With Regards<br>avya<br>