<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:14pt"><div><span></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: bookman old style, new york, times, serif; font-size: 14pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <font size="2" face="Arial"> ----- Forwarded Message -----<br>  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> mohammad agha &lt;mra_bu@yahoo.com&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Tuesday, January 10, 2012 9:08 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: Fw: [gmx-users] trjconv in martini<br> </font> <br>
<div id="yiv1494069076"><div><div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:14pt;"><div><span>Hi Tsjerk,</span></div><div><br></div><div>I know that my question is silly but please help me.<br><span></span></div><div><span></span><span>I installed python2.5 on my system, then I ran "./xtcrev.py 1a.xtc &gt; 1a-rev.xtc" but it gave me following error:</span></div><div><span><br></span></div><div><span>Traceback (most recent call last):<br>&nbsp; File "./xtcrev.py", line 54, in &lt;module&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; n&nbsp;&nbsp; = 92 + i(f.read(84)[-4:])&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; # Size of frame in bytes<br>&nbsp; File "./xtcrev.py", line 24, in i<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; def i(x): return sum([ord(x[j])&lt;&lt;(24-j*8) for j in range(4)])<br>IndexError: string index out of range</span></div><div><br><span></span></div><div><span>I know that j is out of range but I don't know that what
 should I do
 exactly?<br></span></div><div><span> May I ask you to help me, Please?</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Best Regards</span></div><div><span>Sara</span></div>  <div style="font-family:bookman old style, new york, times, serif;font-size:14pt;"> <div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;"> <font size="2" face="Arial"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br> <b><span style="font-weight:bold;">To:</span></b> mohammad agha &lt;mra_bu@yahoo.com&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold;">Sent:</span></b> Saturday, December 31, 2011 3:41 PM<br> <b><span style="font-weight:bold;">Subject:</span></b> Re: Fw: [gmx-users] trjconv in martini<br> </font> <br>
Hi Sara,<br><br>&gt; # Extract the first part of the trajectory<br>&gt; trjconv -s md.tpr -f md.trr -n index.ndx -o 1a.xtc -e 19999<br><br>That should be -e 199999 :) But you can also use -e 200000. Probably<br>that is better. I first thought it'd be better to avoid a double<br>frame, but since trjcat is used to combine the parts again, it doesn't<br>matter.<br><br>Good luck,<br><br>Tsjerk<br><br><br><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br><br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br><br><br> </div> </div>  </div></div></div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>