<div class="gmail_quote"><div>Thanks Sir,</div><div><br></div><div>But I have one more question.</div><div><br></div><div>If I run first NVT then NPT ensemble. So we get output file from NPT ensemble.</div><div><br></div><div>
NPT ensemble output we will use into production phase.</div><div><br></div><div>Means they also take parameter from NVT ensemble.</div><div><br></div><div>Thanks in advance</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Message: 6<br>
Date: Wed, 11 Jan 2012 01:20:20 +1100<br>
From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Subject: Re: [gmx-users] Regarding NVT &amp; NPT ensemble<br>
To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Message-ID: &lt;<a href="mailto:4F0C4924.5020205@anu.edu.au">4F0C4924.5020205@anu.edu.au</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
On 11/01/2012 1:14 AM, ajani haresh wrote:<br>
&gt; Dear Sir,<br>
&gt;<br>
&gt; I am new user in Gromacs. I am using Gromacs  for protein-ligand complex.<br>
&gt; If I am not wrong MD simulation have three part.<br>
&gt; 1. Energy Minimization<br>
&gt; 2. Equilibration  phase<br>
&gt; 3. Production phase<br>
&gt;<br>
&gt; After EM minimization we run Equilibration using (NVT &amp; NPT ensemble).<br>
&gt;<br>
&gt; I have little sily question in MD simulation.<br>
&gt;<br>
&gt; 1. In Protein-Ligand complex compulsory we have to run NVT &amp; NPT<br>
&gt; ensemble ?<br>
<br>
There&#39;s nothing that is required, but the advice here is fairly sound:<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Steps_to_Perform_a_Simulation" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Steps_to_Perform_a_Simulation</a>.<br>
If your density is already correct, then NPT equilibration before NVT<br>
simulation doesn&#39;t help anything.<br>
<br>
&gt; 2 shall we run without NPT ensemble MD production phase ?<br>
<br>
Depends what you want to observe.<br>
<br>
&gt; 3. If we use both ensemble in production phase system might be NVPT<br>
&gt; like during production phase.<br>
<br>
You cannot have an NVPT ensemble, i.e one with constant volume that is<br>
coupled to a pressure bath.<br>
<br>
&gt; 4. If we run only without NPT ensemble during production phase its<br>
&gt; affect MD simulation ?<br>
<br>
Yes. Only you can assess the impact on your objectives.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list<br>
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
<br>
End of gmx-users Digest, Vol 93, Issue 52<br>
*****************************************<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>-----------------------------------------------------------------</div>Haresh Ajani<br>09925522578<br><br><br>