<br />
use -chainsep interactive option in pdb2gmx.<br />
<br />
Suman<br />
<br />
On Wed, 11 Jan 2012 16:42:12 +0530  wrote<br />
>Dear all:<br />
I want to do a simulation using a dimer, but the system is connected by 2<br />
disulfide bonds between A-chain and B-chain. I have produced topology file for protein with pdb2gmx using AMBER99SB forcefield. In order to bond disulfide bonds I using flag -ss. If I do not delete the TER line between A-chain and B-chain in .pdb file, the program pdb2gmx can not recognize the disulfide bonds between A-chain and B-chain. But if I delete the TER line, I get the two bonds successfully. There would be another problem, the C-terminal of A-chain and the N-terminal will be bonded in the .top file. How should I do? <br />
I am using gromacs 4.5.4!<br />
Sincerely yours,<br />
Xianwei Wang<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
-- <br />
<br />
gmx-users mailing list  gmx-users@gromacs.org<br />
<br />
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br />
<br />
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br />
<br />
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />
<br />
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />
<br />
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br />
<br><br>Suman Kumar Nandy<br />
Senior Research Fellow<br />
Department of Biochemistry & Biophysics<br />
University of Kalyani<br />
Kalyani-741235<br />
India.<br><Table border=0 Width=100% Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table><table width="578" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tr><td><span style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif; font-size:12px; color:#393939;">Follow&nbsp;<span style="color:#0000CC;"><b><u><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://dealhojaye.rediff.com?sc_cid=rediffmailsignature___&cmp=signature&lnk=rediffmailsignature&newservice=deals" target="_blank">Rediff Deal ho jaye!</a></u></b></span>&nbsp;to get exciting offers in your city everyday.</span></td></tr></table>