<div style="line-height:1.7;color:#000000;font-size:14px;font-family:arial">&nbsp;Dear all:<br>I want to do&nbsp; a simulation using a dimer, but the system is connected by 2
disulfide bonds between A-chain and B-chain. I have produced topology file for protein with pdb2gmx using AMBER99SB forcefield. In order to bond disulfide bonds I using flag -ss. If I do not delete the TER line between A-chain and B-chain in .pdb file, the program pdb2gmx can not recognize the disulfide bonds between A-chain and B-chain. But if I delete the TER line, I get the two bonds successfully. There&nbsp; would be another problem, the C-terminal of A-chain and the N-terminal will be bonded in the .top file. How should I do? <br>I am using gromacs 4.5.4!<br><pre>Sincerely yours,<br>Xianwei Wang<br></pre><br></div><br><br><span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>