<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Dear nirmal,<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; try prodrg server for generating the topology file for the said pdb file. Here is the link.

<a href="http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/" target="_blank">http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/</a><br>

<br>

<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">

<hr tabindex="-1">

<div style="direction: ltr;" id="divRpF172279"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Nirmal Prasad [nimmynirmal@gmail.com]<br>

<b>Sent:</b> Wednesday, January 11, 2012 9:45 AM<br>

<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>

<b>Subject:</b> [gmx-users] HEME topology<br>

</font><br>

</div>

<div></div>

<div>Hello,<br>

<br>

Can any one send topology for Heme group..My work is stuckeup<br>

<br>

here are the PDB parameters for HEME<br>

<br>

-------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>

HETATM 3851 FE&nbsp;&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.876&nbsp; 25.216&nbsp; 23.893&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3852&nbsp; CHA HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.264&nbsp; 25.759&nbsp; 20.480&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3853&nbsp; CHB HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.132&nbsp; 24.660&nbsp; 24.172&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3854&nbsp; CHC HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.480&nbsp; 24.399&nbsp; 27.195&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3855&nbsp; CHD HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.700&nbsp; 25.148&nbsp; 23.458&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3856&nbsp; NA&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.466&nbsp; 25.218&nbsp; 22.555&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3857&nbsp; C1A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.439&nbsp; 25.484&nbsp; 21.193&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3858&nbsp; C2A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.778&nbsp; 25.464&nbsp; 20.681&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3859&nbsp; C3A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.610&nbsp; 25.197&nbsp; 21.767&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3860&nbsp; C4A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.741&nbsp; 25.081&nbsp; 22.906&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3861&nbsp; CMA HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.215&nbsp; 25.091&nbsp; 21.758&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3862&nbsp; CAA HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.230&nbsp; 25.628&nbsp; 19.242&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3863&nbsp; CBA HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.574&nbsp; 27.061&nbsp; 18.804&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3864&nbsp; CGA HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.117&nbsp; 27.044&nbsp; 17.359&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3865&nbsp; O1A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.982&nbsp; 27.831&nbsp; 17.013&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3866&nbsp; O2A HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.739&nbsp; 26.229&nbsp; 16.541&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3867&nbsp; NB&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.104&nbsp; 24.497&nbsp; 25.449&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3868&nbsp; C1B HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.444&nbsp; 24.359&nbsp; 25.345&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3869&nbsp; C2B HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.044&nbsp; 24.034&nbsp; 26.598&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3870&nbsp; C3B HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.961&nbsp; 23.930&nbsp; 27.496&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3871&nbsp; C4B HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.778&nbsp; 24.182&nbsp; 26.693&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3872&nbsp; CMB HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.563&nbsp; 23.973&nbsp; 26.877&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3873&nbsp; CAB HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.964&nbsp; 23.552&nbsp; 28.851&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3874&nbsp; CBB HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.069&nbsp; 23.513&nbsp; 29.865&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3875&nbsp; NC&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.315&nbsp; 24.748&nbsp; 25.179&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3876&nbsp; C1C HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.331&nbsp; 24.678&nbsp; 26.492&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3877&nbsp; C2C HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.053&nbsp; 24.644&nbsp; 27.006&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3878&nbsp; C3C HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.187&nbsp; 24.668&nbsp; 25.881&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3879&nbsp; C4C HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.053&nbsp; 24.742&nbsp; 24.763&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3880&nbsp; CMC HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.716&nbsp; 24.541&nbsp; 28.529&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3881&nbsp; CAC HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.191&nbsp; 24.700&nbsp; 25.725&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3882&nbsp; CBC HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.163&nbsp; 24.945&nbsp; 26.680&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3883&nbsp; ND&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.655&nbsp; 25.286&nbsp; 22.181&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3884&nbsp; C1D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.373&nbsp; 25.199&nbsp; 22.282&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3885&nbsp; C2D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.768&nbsp; 25.396&nbsp; 21.008&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3886&nbsp; C3D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.780&nbsp; 25.600&nbsp; 20.124&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3887&nbsp; C4D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.958&nbsp; 25.545&nbsp; 20.924&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3888&nbsp; CMD HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.252&nbsp; 25.372&nbsp; 20.693&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3889&nbsp; CAD HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.755&nbsp; 25.897&nbsp; 18.597&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3890&nbsp; CBD HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.710&nbsp; 27.455&nbsp; 18.272&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3891&nbsp; CGD HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.759&nbsp; 27.846&nbsp; 16.738&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3892&nbsp; O1D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.411&nbsp; 29.018&nbsp; 16.323&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

HETATM 3893&nbsp; O2D HEM&nbsp;&nbsp; 482&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.210&nbsp; 26.948&nbsp; 15.911&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00 <br>

TER&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3894&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HEM&nbsp;&nbsp; 482 <br>

<br>

--------------------------------------------------------------------------------<br>

<br>

thanks in advance<br>

<br>

nirmal<br>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>