Dear gromacs users,<br />
<br />
I have a problem regarding the simulation of Fe4S4 cluster attached to CYS of a protein using opls ff. I editted the "aminoacids.rtp" file as like this.<br />
<br />
[ SF4 ]<br />
... [ atoms ]<br />
FE1 opls_966 2.500 1<br />
FE2 opls_967 2.500 1<br />
FE3 opls_968 2.500 1<br />
FE4 opls_969 2.500 1<br />
S1 opls_970 -2.000 1<br />
S2 opls_971 -2.000 1<br />
S3 opls_972 -2.000 1<br />
S4 opls_973 -2.000 1<br />
[ bonds ]<br />
FE1 S1<br />
FE1 S2<br />
FE1 S3<br />
FE2 S1<br />
FE2 S2<br />
FE2 S4<br />
FE3 S2<br />
FE3 S3<br />
FE3 S4<br />
FE4 S1<br />
FE4 S2<br />
FE4 S3<br />
<br />
and also "atomtypes.atp" as<br />
<br />
opls_966 55.84500 ; FE1: HEME<br />
opls_967 55.84500 ; FE2: HEME<br />
opls_968 55.84500 ; FE3: HEME<br />
opls_969 55.84500 ; FE4: HEME<br />
opls_970 32.06000 ; S1: S<br />
opls_971 32.06000 ; S2: S<br />
opls_972 32.06000 ; S3: S<br />
opls_973 32.06000 ; S4: S<br />
<br />
I have also added a line to "specbond.dat" regarding the SG-FE covalent bond. But while running the pdb2gmx command, (withouit any error) it just adds a H with SG (where the FE to bind)and there is no information on SG-FE bond in topology file. Please help.<br><br>Suman Kumar Nandy<br />
Senior Research Fellow<br />
Department of Biochemistry & Biophysics<br />
University of Kalyani<br />
Kalyani-741235<br />
India.<br><Table border=0 Width=100% Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style="font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;"><TR><td><A HREF="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/click_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle?" target="_blank"><IMG SRC="http://sigads.rediff.com/RealMedia/ads/adstream_nx.ads/www.rediffmail.com/signatureline.htm@Middle"></A></td></TR></Table><table width="578" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0"><tr><td><span style="font-family:Arial, Helvetica, sans-serif; font-size:12px; color:#393939;">Follow&nbsp;<span style="color:#0000CC;"><b><u><a href="http://track.rediff.com/click?url=___http://dealhojaye.rediff.com?sc_cid=rediffmailsignature___&cmp=signature&lnk=rediffmailsignature&newservice=deals" target="_blank">Rediff Deal ho jaye!</a></u></b></span>&nbsp;to get exciting offers in your city everyday.</span></td></tr></table>