<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle">P {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
</style>
</head>
<body fPStyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">Dear all,</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">I have a problem using the pull code in Gromacs 4.5.1. I am running simulations with a small molecule at constrained distances from the bilayer center in a membrane (z-direction)
 in order to calculate permeability data. I use the force acting on the molecule (pullf.xvg) at different distances to calculate free energy profiles and diffusion coefficients.
</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">The problem I am facing is that the pull forces are fluctuating significantly more in version 4.5.1 compared to in 4.0.5. In 4.0.5 the forces normally fluctuate in the range of at
 most ±2000 kJ/mol/nm whereas in 4.5.1 they fluctuate in the range of at most ±50000 kJ/mol/nm. The average force is however similar in both versions, which results in reasonable calculated free energy profiles. However, the large fluctuations in forces make
 the autocorrelation function of the force different, and this causes problems when calculating diffusion coefficients.
</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">I have used the same mdp file as in version 4.0.5 with the difference that tau_t is increased from 0.1 to 0.4 (mdp file included below). The simulations are at least 7 ns. Is there
 anything trivial that I have missed when changing from version 4.0.5 to 4.5.1? </font>
</p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">I would really appreciate any help on this issue. Thanks in advance.
</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal">
<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />
<o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">Regards,</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">Emma</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri"></font></o:p>&nbsp;</p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">The mdp file:
</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">title<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span>= x</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">cpp<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span>= /lib/cpp</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">include<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span>=</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">define<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>=</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">integrator<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span>= md</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">dt<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0.002</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nsteps<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span>= 7500000</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstlog<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp; </span>= 25000</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstenergy<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span>= 30</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstxout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstxtcout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 25000</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstvout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstfout<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">xtc_grps<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= DPPC SOL X</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">energygrps<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;</span>= DPPC SOL X</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">nstlist<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 10</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">ns_type<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= grid</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">rlist<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">coulombtype<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= PME</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">rcoulomb<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">vdwtype<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= Cut-off</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">rvdw<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1"></span>= 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">tcoupl<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= Nose-hoover</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">tc-grps<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span>= DPPC SOL X</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">tau_t<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1"></span>= 0.4 0.4 0.4</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">ref_t<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 323 323 323</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">Pcoupl<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= Parrinello-Rahman</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pcoupltype<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= semiisotropic</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">tau_p<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 1.0 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">compressibility<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 4.5e-5 4.5e-5</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">ref_p<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1"></span>= 1.0 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">gen_vel<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= yes</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">gen_temp<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 323</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">gen_seed<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 173529</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">constraints<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= all-bonds</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pbc<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= xyz</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">optimize_fft<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= yes</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">unconstrained_start<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span><span style="mso-tab-count: 1"></span>= no</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><o:p><font size="3" face="Calibri">&nbsp;</font></o:p></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 2">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= constraint</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_geometry<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= cylinder</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_r1<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 1.0</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_r0<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 1.5</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_group0<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= DPPC</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_group1<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= X</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_vec1<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= 0 0 1</font></p>
<p style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class="MsoNormal"><font size="3" face="Calibri">pull_init1<span style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span><span style="mso-tab-count: 1">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>= -0.006</font></p>
</div>
</body>
</html>