hello sir,<br><br>I did dynamics for 5ns for my protein. i submitted my run in cluster.. i got my output.. when i go for rmsd and gyrate analysis i got plot for only 1.2ns out of 5ns..<br><br>i dono what is the problem..<br>
<br>is this because of low runtime in cluster..<br>even i gave 200hours in cluster..<br><br>i searched in gromacs list.. but i didnt get answer for my query..<br><br>can anyone please help me with your answer..<br><br>it ll be helpful for me..<br>
<br>Thanking you,<br>