Hi,<div><br></div><div>I&#39;m not good at handling Gromacs yet.</div><div><br></div><div>My question is about virtual interaction.</div><div><br></div><div>I&#39;m doing simulation dealing with CO2 which is linear rigid molecule as you already know.</div>
<div>As pervasively known, I introduced virtual sites.</div><div><br></div><div>However, I don&#39;t know how to give initial coordinate correctly of dummy particles.</div><div><br></div><div>Let us consider following system.</div>
<div><br></div><div>x1-----d1-----x2</div><div><br></div><div>There are two real atom and one dummy particle between them with appropriate length ratio, a, from x1, and (1-a) from x2.</div><div>If I give the coordinates of three particles by the rules of above statement, i.e., dummy particle between them with appropriate length ratio, a, from x1, and (1-a) from x2..</div>
<div><br></div><div>Is it correct? Isn&#39;t there any unstable energy?</div><div><br></div><div>Do I have to run any preceding run before equilibration run??</div><div>Otherwise, Is there any other way giving the correct coordinate of dummy particle ???</div>
<div><br></div><div>Please help me..</div>