It says that &quot;The number of cores must be a multiple of the number of replicas (given with <code>-multi</code>, which must equal the number of <a title="Documentation/File_Formats/Topology_(.tpr)_File" rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Topology_%28.tpr%29_File">.tpr</a> files i.e., 10 for the above general example using <code>prefix_0.tpr</code> through <code>prefix_9.tpr</code>)&quot;<br>
<br>I gave the options -multi 5 . But still I am getting the same error. Can you please explain, why is it so. Do I need to have the same no. of cores as the no. of .tpr files ??<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 12, 2012 at 3:38 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 12/01/2012 5:29 PM, bharat gupta wrote:
    <blockquote type="cite">Thanks for the advice I re-complied everything again
      with static libraries and the installation went fine. But while
      executing the following command I am again getting error :- <br>
      <br>
      <br>
      mdrun_mpi mdrun  -s prefix_.tpr -multi 20 -replex 500 -v <br>
      <br>
      <br>
      Fatal error:<br>
      The number of nodes (1) is not a multiple of the number of
      simulations (3)<br>
      For more information and tips for troubleshooting, please check
      the GROMACS<br>
      website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
      -------------------------------------------------------<br>
      <br>
      &quot;BioBeat is Not Available In Regular Shops&quot; (P.J. Meulenhoff)<br>
      <br>
      Halting program mdrun_mpi<br>
      <br>
      gcq#155: &quot;BioBeat is Not Available In Regular Shops&quot; (P.J.
      Meulenhoff)<br>
      <br>
      application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, -1) - process 0<br>
      <br>
      <br>
      I am trying to simulate 5 replicas and I have 4 cpu . <br>
    </blockquote>
    <br></div>
    See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD</a>
    Execution Steps point 2. You cannot simulate an arbitrary number of
    replicas on an arbitrary number of processors.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark</font></span><div><div class="h5"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite"><br>
      <br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Thu, Jan 12, 2012 at 1:37 PM, lina <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lina.lastname@gmail.com" target="_blank">lina.lastname@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div>On Thursday 12,January,2012 08:54 AM, bharat
            gupta wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              Hi,<br>
              <br>
              I am trying to run a REMD of a peptide. But while
              executing the<br>
              following command after nvt and npt equilibration , I am
              getting the<br>
              following error:-<br>
              <br>
              mdrun_mpi mdrun -s prefix_.tpr -multi 20 -replex 1000<br>
              mdrun_mpi: error while loading shared libraries:
              libgmx_mpi.so.6: cannot<br>
              enable executable stack as shared object requires:
              Permission denied<br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          Can you run a normal md smoothly?<br>
          try:<br>
          mdrun_mpi mdrun -deffnm prefix_0<br>
          <br>
          if it works, then some of your trajectories not sound. means
          system does not equilibrium well.
          <div><br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <br>
              <br>
              Can anybody suggest me how could I rectify this error.<br>
              <br>
              --<br>
              Bharat<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          <div>
            <div>
              -- <br>
              gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
              <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
              Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
              before posting!<br>
              Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use
              the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
              Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      Bharat<br>
      Ph.D. Candidate<br>
      Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>
      Biomolecular Engineering Laboratory<br>
      Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>
      Pusan National University<br>
      Busan -609735<br>
      South Korea<br>
      Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343
      <div>Mobile no. - 010-5818-3680<br>
        E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div>
      <br>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Bharat<br>Ph.D. Candidate<br>
Room No. : 7202A, 2nd Floor<br>Biomolecular Engineering Laboratory<br>Division of Chemical Engineering and Polymer Science<br>Pusan National University<br>Busan -609735<br>South Korea<br>Lab phone no. - +82-51-510-3680, +82-51-583-8343<div>
Mobile no. - 010-5818-3680<br>E-mail : <a href="mailto:monu46010@yahoo.com" target="_blank">monu46010@yahoo.com</a></div><br>