<div> </div><div>Hi all,</div><div><div> </div><div>I am new to the Gromacs and just started to use Gromacs for MD simulations.</div><div>I am tring to extend the simulation (protein in a box) 10 ns more. For this, I used the following command:</div>
<div> </div><div>grompp  -f   md.mdp   -c  md_first.gro   -t  md_first.cpt   -p  topol.top   -o  md_second.tpr   </div><div>mdrun &amp;</div><div> </div><div>It seems to run..</div><div> </div><div>I am just wondering am I right or sh<span class="hps">ould</span> <span class="hps">I  also use the &quot;tpbconv&quot; as it is stated in the <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Extending_Simulations</a>.</span></div>
<div><span class="hps"></span> </div><div><span class="hps">Thanks,</span></div><div><span class="hps">Turgay</span></div></div>