Dear All,<br><style type="text/css">p { margin-bottom: 0.08in; }a:link {  }</style>

<p style="margin-bottom:0in">The protein on which I am working, have
few ASN residues which are N-linked with the N-acetyl-glucosamine
(NAG). I have taken the parameters of the NAG and  N-linked ASN
from the GLYCAM_06. I have  added this N-linked ASN as a new residue
in aminoacids.rtp file and accordingly all the parametrs are added in
respective files. After this both pdb2gmx and grompp are working
without any error.</p>

<p style="margin-bottom:0in">But the problem I am facing is related
to 1-4 scaling. For the GLYCAM, fudgeLJ and fudgeQQ should be 1. I
have read the following mailing post that how one can mix the fudgeLJ
and fudgeQQ in GROMACS.</p>

<p style="margin-bottom:0in"><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-April/060839.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2011-April/060839.html</a>
</p>

<p style="margin-bottom:0in"><span style="background:none repeat scroll 0% 0% transparent">In
the manual, I have come across with two type of pairs function. In
function type 1, two parameters are needed and is used as default.
But, in function type 2, five parameters are needed: fudgeQQ,
q_i, q_j, V(cr) and W(cr). </span></p>

<p style="margin-bottom:0in"><span style="background:none repeat scroll 0% 0% transparent">So
can I replace function type 1 with 2 in the pdb2gmx generated
topology for only those pairs belong to the NAG and side chains of
N-linked ASN. So that, I can use fudgeQQ of 1.0, q_i / q_j from the
rtp/topology and V(cr) / W(cr) (calculated from the sigma and epsilon
using combination rule) for those pairs. Will this give No Scaling
for 1-4 pair belong to NAG and side chains of N-linked ASN.</span></p>



<p style="margin-bottom:0in"><span style="background:none repeat scroll 0% 0% transparent">Or
 another which I found “those 1-4 pairs belong
to side chains of N-linked ASN and NAG, so I could remove them from [
pairs ] section and put into the [ pairs_nb ] section.” Then these
pairs will be treated as normal non-bonded pairs.</span><br></p><p style="margin-bottom:0in">Please suggest me, what I can do in
this regard and which is the correct way.</p>

<p style="margin-bottom:0in">Thank you in advance.</p>
<br clear="all"><br>-- <br>With Regards,<br><br>Rashmi Kumari<br>Research Scholar<br>School of Computational and Integrative Sciences<br>Jawaharlal Nehru University<br>New Delhi- 110067.<br><br>