<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi gromacs-users,<br><br>I have carefully checked the manual about the define the A and B states for the calcualtion of free energy. And I also known that "couple-moltype“ and "couple-lambda0" and "couple-lambda1".<br>However I have two types of molecules for decoupling in the simulaiton. It seems that Gromacs can not deal with more than one tpes of moleucle with the "couple-moltype".<br>For example I want to decouple the Na+ and Ca+. Is the the other way to define the decoupling molecules? It seems that I can directly define the B state in the top files for these two ions, repectively. If it is reasonable, does the other molecules without the descrption of the B state keep fixed? (I mean these molecuse will not involve the decoupling process in the simulation.)<br><br>Thanks very much for any suggestions<br></td></tr></table>