Hi,<br><br>I&#39;m trying to plot the displacements in z-coordinate of each particle belonging to some index group using g_traj.<br><br>I typed below thing in prompt<br><br>g_traj -f md_0_2_nvt.xtc -s md_0_2_nvt.tpr -n index_traj.ndx -nox -noy -b 0 -e 50 -ox traj -w -xvg xmgrace <br>
<br>There are 6 atoms in the desired index group.<br><br>Although I selected the desired index group (let assume it is 1, 2, 3, 4, 5, 6 labelled) atoms, the g_traj only plots the displacement of first atom in index group (i.e., the displacement of atom 1 but not 2, 3, 4, 5, 6).<br>
<br>I want to plot the displacements of all atoms (1 - 6). <br><br>How do I have to do??? <br><br>What things is incorrect?<br><br>Have a good day :)<br>