<div dir="ltr">Dear Justin,<br><br>You are right, I had some warning and with -missing I override them, e.g.:<br><br>WARNING: atom HA is missing in residue HEM 105 in the pdb file<br>WARNING: atom HB is missing in residue HEM 105 in the pdb file<br>
...<br><br>30 missing atoms. I did not know how should figure them out. I am using GROMACS 4.5.3<br>and charmm27.ff. <br>Cytochrome C is a difficult protein to simulate :(<br><br>Thanks,<br>Dariush<br><br><br><br><br><br>
<div class="gmail_quote">On Tue, Jan 17, 2012 at 10:33 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div class="im"><br>
<br>
Dariush Mohammadyani wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
According your help and &quot;pdb2gmx -his -missing&quot; I could create input files. Also I used grompp without error. However, for mdrun I got this error:  <br>
</blockquote>
<br></div>
Using the -missing flag is very dangerous.  If you&#39;re using it to override warnings or errors that pdb2gmx is giving, your simulations will almost certainly be junk because the topology is broken.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
*Function type CMAP Dih. not implemented in ip_pert*<div class="im"><br>
<br>
How can I figure it out?<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
Without seeing your .mdp file and knowing which Gromacs version you&#39;re using, there&#39;s little anyone can do to help you.  The error suggests you&#39;re trying to transform a CMAP dihedral using the free energy code, which cannot be done (per the error message).<div class="HOEnZb">
<div class="h5"><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | <a href="tel:%28540%29%20231-9080" value="+15402319080" target="_blank">(540) 231-9080</a><br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br><br>
</div>