
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    On 17/01/2012 7:37 PM, dina dusti wrote:

    <blockquote

      cite="mid:1326789466.97317.YahooMailNeo@web121304.mail.ne1.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,

        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;

        font-size: 12pt;">

        <div id="yiv671780235">

          <div>

            <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255,

              255, 255); font-family: times new roman,new

              york,times,serif; font-size: 12pt;">

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_132678534862140">Dear

                Specialists,<span><br>

                </span></div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_132678534862188"><br

                  id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621779">

              </div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_132678534862189">I am a

                beginner in grmacs and I have several questions about

                formation of micelle in gromacs. Please help me.</div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_132678534862198">1- We

                know that there is a thermodynamic equilibrium between

                created micelle and free monomers in solvent, but I

                don't see this in results of my simulation! When I add

                the number of monomers, all of them are aggregated

                depend of concentration of solution in one micelle

                (spherical to cylindrical) or several micelles and

                always, lack of single monomer is the most stable state

                for system. also, I didn't find this in previous work by

                gromacs.&nbsp; Is it the limitation of gramacs? Why?<br>

              </div>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    It has nothing to do with GROMACS, and likely everything to do with

    your choice of model physics and the degree of convergence of the

    simulation.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:1326789466.97317.YahooMailNeo@web121304.mail.ne1.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,

        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;

        font-size: 12pt;">

        <div id="yiv671780235">

          <div>

            <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255,

              255, 255); font-family: times new roman,new

              york,times,serif; font-size: 12pt;">

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621332">2-

                What is the relation of radius of gyration with

                effective radius of spherical micelle that in many of

                papers have been pointed to

                R(micelle)=(1.291)R(gyration)?</div>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    I don't understand your question, or how it relates to GROMACS :)<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:1326789466.97317.YahooMailNeo@web121304.mail.ne1.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255, 255,

        255); font-family: times new roman,new york,times,serif;

        font-size: 12pt;">

        <div id="yiv671780235">

          <div>

            <div style="color: rgb(0, 0, 0); background-color: rgb(255,

              255, 255); font-family: times new roman,new

              york,times,serif; font-size: 12pt;">

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621525">3-

                Where is the center of mass of micelle in gromacs,

                exactly? I obtained rdf for tails of surfactants with

                center of mass of micelle that the first part of file is

                as following:( I work with martini and we know that

                sigma= 0.47 nm in L-J)<br>

              </div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621606">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

                0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.012&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.014&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.016&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.018&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.022&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.024&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.026&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.028&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.032&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.034&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91.8328<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.036&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.038&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.042&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60.1866<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.044&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.046&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50.176<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.048&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46.0824<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.4701<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.052&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.2663<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.054&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.056&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33.8578<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.058&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29.4943<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.062&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.6223<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.064&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.066&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48.7518<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.068&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.6699<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.074&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.3906<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.076&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.078&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 82.9561<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.082&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47.3753<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.084&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.086&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.088&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.3277<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.092&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.094&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0173<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.096&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.0438<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.098&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.0564<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.102&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.4125<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19.635<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.106&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.45052<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.108&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.10376<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17.5514<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.112&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

                &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.116&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.89139</div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621729">...............................<br>

              </div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621730">................................<br>

              </div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621731">...............................<br>

              </div>

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_1326785348621732">What

                does it mean? Does it say me that the center of micelle

                is where the end of tails reach together. Do the tails

                bond in the center of micelle together or there is a

                hole according to my result and what is your definition

                in gromacs for center of mass of micelle, hole or bond

                between tails, Please?&nbsp; <br>

              </div>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    We don't even know whether your micelles should have monomer tails

    in the center or outside, or how you generated those numbers or what

    they are. If that's a radial distribution function, then you

    probably want to choose a narrower bin width for computing it, and

    get a lot more samples to go in it.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:1326789466.97317.YahooMailNeo@web121304.mail.ne1.yahoo.com"

      type="cite">

      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times

        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">

        <div id="yiv671780235">

          <div>

            <div

              style="color:#000;background-color:#fff;font-family:times

              new roman, new york, times, serif;font-size:12pt;">

              <div id="yiv671780235yui_3_2_0_16_13267853486211492">I

                took rdf for last bead of tails together that the first

                part of file is as:</div>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.004&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.008&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ..............................0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ..............................0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ..............................0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.414&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.416&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.418&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.422&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.424&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.426&nbsp; 0.0577916<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.428&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

              &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.43&nbsp;&nbsp; 0.113443<br>

              and maximum g(r) is in 0.512 nm (the first peak) and in

              distance 0.47 nm, g(r) is 50.3262. Can I interpret that

              tails are in two states together: bonded and non-bonded

              but maximum of tails are non-bonded, therefore, there is a

              hole in the center of micelle?<br>

            </div>

          </div>

        </div>

      </div>

    </blockquote>

    <br>

    I don't know, but some well-chosen use of g_rdf or g_density might

    get the information you seek if it's there to be found. Make sure

    you visualize the simulation first.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>