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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Dear gmxusers,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have some questions about distance restraints that I hope you would be able to shed some light on. Thanks in advance.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I am trying to apply distance restraints to my protein. Below was what I did:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">-use genrestr to create my ca_disre.itp<br>
genrestr &#8211;f membedded_em.gro &#8211;o ca_disre.itp &#8211;disre (pop-up prompt: CA atoms selected)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">-in my mdp file<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I added this line near the top: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DDISRES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">-my &nbsp;top file looks like that<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Include forcefield parameters<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;gromos53a6_lipid.ff/forcefield.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">;Include Protein Topology<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;A2a.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Include Position restraint file<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#ifdef DISRES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;ca_disre.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#ifdef POSRES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;posre.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">;Include POPC topology<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;popc.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#ifdef LIPID_POSRES<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;lipid_posre.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">;Include water topology<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;gromos53a6_lipid.ff/spc.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">#ifdef POSRES_WATER<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Position restraint for each water oxygen<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ position_restraints ]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#endif<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Include topology for ions<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">#include &quot;gromos53a6_lipid.ff/ions.itp&quot;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ system ]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Name<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Protein and POPC and Water <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ molecules ]<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Protein_chain_X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 327<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24767<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">CL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">The simulation ran without a problem. However, after it was completed, I compared the final protein structure with the initial and it looked like the atoms (even the CA atoms , especially those in the loops) had moved quite a fair bit away
 from the original position. This made me wonder if the distance restraints had indeed been applied or perhaps the force constant was not large enough (default =1000 kJ/mol/nm^2)? &nbsp;I had checked the mdout.mdp file &#8220;define &nbsp;= -DDISRES&#8221; was there&#8230; wasn&#8217;t sure
 how else I could check this.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">To test whether it was due to the latter, I had tried rerunning the simulation for 1ns simulation with &#8220;disre_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000&#8221; added to the mdp file. This time the atoms did not move as far away as previously observed.
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have tried google-ing for the proper way to impose distance restraints but didn&#8217;t find my searches too useful. I wonder if anyone could confirm with me that the above method is correct/ tell me that I had done something wrong.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Cheers for that!<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Best wishes,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Huiwen<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-left:.25in"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
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