<div>Dear Gmx Users,</div>
<div> </div>
<div>I am simulating (Charmm27 ff) my protein in presence of a tube (made of atoms). This tube is a representation of a surface of protein. I want to do an approximation of residues on the surface. I divided amino acids and represent them as:</div>

<div>- positively charged - I used Na+ </div>
<div><span lang="EN">[ SOD ]</span></div>
<div>
<p>[ atoms ]</p>
<p>SOD SOD 1.00 0</p>
<p>-negatively charged - I used CL-</p><span lang="EN">
<p>[ CLA ]</p>
<p>[ atoms ]</p>
<p>CLA CLA -1.00 0</p>
<p>- hydrophilic - I took Oxygen from Tyrosine OH group</p><span lang="EN">
<p>[ TYR ]</p></span><font size="1" face="Courier New"><font size="1" face="Courier New"><span lang="EN-GB">
<p></p></span></font></font></span><font size="1"><span lang="EN"><font face="Times New Roman">[ atoms ]</font></span></font><font size="1"><font size="1"><span lang="EN-GB">
<p></p></span></font></font><font size="1"><span lang="EN"><font face="Times New Roman">OH</font></span></font><font size="1" face="Courier New"><font size="1" face="Courier New"><span lang="EN-GB"> </span></font></font><font size="1"><span lang="EN"><font face="Times New Roman">OH1 -0.54 13</font></span></font>
<p><font size="1"><span lang="EN"><font face="Times New Roman">- hydrophobic - I want to take Carbon atom - but I have no clue from which group - I guess somethin positive? Or random Carbon from hydrophobic amino acids</font></span></font></p>

<p><font size="1"><span lang="EN"><font face="Times New Roman">Please, let me know your opinion for such representation. Would you suggest representing charged amino acids by atoms taken from charged amino acids (e.g. N from Arg?)</font></span></font></p>

<p><font size="1"><span lang="EN"></span></font>Do you think its a good approximation?</p>
<p>Thank you</p>
<p> Steven</p></div>