Has the tesla card got to do anything with the error. Am using <span class="Apple-style-span" style="font-family:Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12px">Nvidia Tesla S1070 1U server.</span><div><font class="Apple-style-span" face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="font-size:12px"><br>
</span></font><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 19, 2012 at 8:37 PM, Szilárd Páll <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:szilard.pall@cbr.su.se">szilard.pall@cbr.su.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
And sorting out where the /bin/cat error comes from because that is<br>
surely not a Gromacs message!<br>
<br>
Cheers,<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">--<br>
Szilárd<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On Thu, Jan 19, 2012 at 1:12 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<br>
&gt; On 19/01/2012 8:45 PM, aiswarya pawar wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; Mark,<br>
&gt;<br>
&gt; THe normal mdrun also hangs thus not generating any output.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; OK. It&#39;s your problem to solve... keep simplifying stuff until you can<br>
&gt; isolate a small number of possible causes. Top of the list is file system<br>
&gt; availability.<br>
&gt;<br>
&gt; Mark<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Jan 19, 2012 at 3:09 AM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On 19/01/2012 2:59 AM, <a href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com">aiswarya.pawar@gmail.com</a> wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Its going into the running mode but gets hang there for long hours which<br>
&gt;&gt; generating any data in the output file. And am not able to figure out the<br>
&gt;&gt; error file_doc. Please anyone knows what&#39;s going wrong.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; No, but you should start trying to simplify what you&#39;re doing to see where<br>
&gt;&gt; the problem lies. Does normal mdrun work?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mark<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Thanks<br>
&gt;&gt; Sent from my BlackBerry® on Reliance Mobile, India&#39;s No. 1 Network. Go for<br>
&gt;&gt; it!<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; -----Original Message-----<br>
&gt;&gt; From: Szilárd Páll &lt;<a href="mailto:szilard.pall@cbr.su.se">szilard.pall@cbr.su.se</a>&gt;<br>
&gt;&gt; Sender: <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; Date: Wed, 18 Jan 2012 14:47:59<br>
&gt;&gt; To: Discussion list for GROMACS users&lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; Reply-To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] mdrun-gpu error<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Most of those are just warnings, the only error I see there comes from<br>
&gt;&gt; the shell, probably an error in your script.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Cheers,<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Szilárd<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Jan 18, 2012 at 12:27 PM, aiswarya pawar<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:aiswarya.pawar@gmail.com">aiswarya.pawar@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Hi users,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Am running mdrun on gpu . I receive an error such as=<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; WARNING: This run will generate roughly 38570 Mb of data<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; WARNING: OpenMM does not support leap-frog, will use velocity-verlet<br>
&gt;&gt; integrator.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; WARNING: OpenMM supports only Andersen thermostat with the<br>
&gt;&gt; md/md-vv/md-vv-avek integrators.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; WARNING: OpenMM supports only Monte Carlo barostat for pressure coupling.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; WARNING: OpenMM provides contraints as a combination of SHAKE, SETTLE and<br>
&gt;&gt; CCMA. Accuracy is based on the SHAKE tolerance set by the &quot;shake_tol&quot;<br>
&gt;&gt; option.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; /bin/cat: file_loc: No such file or directory<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; and the job is running but the nothing written into .xtc, .trr, .edr files<br>
&gt;&gt; .<br>
&gt;&gt; What could have gone wrong?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; Aiswarya  B Pawar<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Bioinformatics Dept,<br>
&gt;&gt; Indian Institute of Science<br>
&gt;&gt; Bangalore<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;&gt; Please search the archive at<br>
&gt;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Aiswarya  B Pawar<br>
&gt;<br>
&gt; Bioinformatics Dept,<br>
&gt; Indian Institute of Science<br>
&gt; Bangalore<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at<br>
&gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Aiswarya  B Pawar<br><br>Bioinformatics Dept, <br>Indian Institute of Science<br>Bangalore<br><br><br>
</div>