Hi all,<br><br>I am doing duplicate MD simulations with a protein-ligand system.<br><br>After processing one trajectory by trjconv with the optioin -pbc nojump, I still find abrupt jumps (on the scale of nm) in RMSDs and COM distances.<br>

<br>Then I tried -pbc mol -ur compact, which did not work. And then -fit progressive on protein atoms, which again did not completely eliminate those jumps in protein atom RMSDs.<br><br>I wonder if I have not used the right option?<br>

<br>Thanks for any advice,<br><br>Yun<br>