
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hello,<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">                </span>I am trying to a simple energy minimization with my DNA molecule I created with 3DNA program. Below is a snippet of a pdb file where I've only included coordinates for one residue to save space (<i>Actual file contains coordinates for 12-mer DNA</i>).</div><div><br></div><div>So my question is why is the pdb2gmx spitting out&nbsp;<b>Fatal Error: Atom P in residue DG 0 not found in rtp entry&nbsp;entry DGN with 32 atoms&nbsp;while sorting atoms?</b>&nbsp;I am using forcefield94 and looking at the .rtp file &nbsp;and atom P is surely present in the forcefield. Is the pdb format? Something else?</div><div><br></div><div>If it the format then does anyone know how to properly put together a pdb file of a nucleic acid and show me what it looks like, and what forcefields are good for DNA ligand interactions?</div><div><br></div><div>thanks in advance</div><div><br></div><div><div>REMARK &nbsp; &nbsp;3DNA (v1.5, Nov. 2002) by Xiang-Jun Lu at Wilma K. Olson's Lab.</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;1 &nbsp;P &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.356 &nbsp; 9.218 &nbsp; 1.848</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;O1P &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.311 &nbsp;10.489 &nbsp; 2.605</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;O2P &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.334 &nbsp; 9.156 &nbsp; 0.740</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;4 &nbsp;O5' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.105 &nbsp; 8.869 &nbsp; 1.295</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp;C5' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.021 &nbsp; 8.156 &nbsp; 2.146</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;C4' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.726 &nbsp; 7.072 &nbsp; 1.355</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;O4' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.986 &nbsp; 5.817 &nbsp; 1.352</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;8 &nbsp;C3' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.952 &nbsp; 7.370 &nbsp;-0.127</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;O3' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 4.210 &nbsp; 6.832 &nbsp;-0.518</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 10 &nbsp;C2' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.848 &nbsp; 6.598 &nbsp;-0.850</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 11 &nbsp;C1' &nbsp; DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.913 &nbsp; 5.344 &nbsp; 0.016</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 12 &nbsp;N9 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.711 &nbsp; 4.472 &nbsp;-0.101</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 13 &nbsp;C8 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.606 &nbsp; 4.826 &nbsp;-0.294</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 14 &nbsp;N7 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.430 &nbsp; 3.807 &nbsp;-0.354</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp;C5 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.599 &nbsp; 2.700 &nbsp;-0.190</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 16 &nbsp;C6 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.914 &nbsp; 1.317 &nbsp;-0.165</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 17 &nbsp;O6 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-2.010 &nbsp; 0.775 &nbsp;-0.284</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 18 &nbsp;N1 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.233 &nbsp; 0.533 &nbsp; 0.025</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 19 &nbsp;C2 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.516 &nbsp; 1.023 &nbsp; 0.172</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 20 &nbsp;N2 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2.476 &nbsp; 0.111 &nbsp; 0.344</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 21 &nbsp;N3 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.811 &nbsp; 2.321 &nbsp; 0.149</div><div>ATOM &nbsp; &nbsp; 22 &nbsp;C4 &nbsp; &nbsp;DG A &nbsp; 1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.709 &nbsp; 3.095 &nbsp;-0.035</div><div>END</div></div></body></html>