Hi gmx-users !!<div><br></div><div>How does the gromacs unfolds the coordinates of the atoms when the simulation is run using -pbc xyz ? </div><div><br></div><div>If a particle in subsequent time crosses the boundary say x / y or both axis , then the box x/y or both vector(s) is added to obtain a folded trajectory. While unfolding, an atom, there are two or more image points, which one to choose. I think minimum image condition can handle this, but do not know how. Can some of help me out.</div>

<div><br></div><div>Chandan</div><meta charset="utf-8"><div><br>--<br>Chandan kumar Choudhury<br>NCL, Pune<br>INDIA<br>
</div>