<div>Hi gromacs users,</div><div> </div><div>I have two different molecules, lets say A and B. I want to put 5 A molecules and 5 B molecules in the same box.</div><div>I carried out the following steps.</div><div>   1)  For both A and B, I used <strong>genbox</strong> with <strong>-nmol</strong> flag separetely and obtained the A_multiple and the B_multiple structure files.</div>
<div>   2)  Using <strong>cat</strong> command, I concatanated two structure files (A_multiple, B_multiple) to get system.gro.</div><div>   3)  Using the <strong>pdb2gmx</strong>, I got conf.gro and topol.top of system..</div>
<div> </div><div>But, I am not sure if this is the correct way? Because, when I look the conf.gro at VMD, I saw that some part of the A molecule and B molecule had overlapped.</div><div> </div><div>Could anybody help me please? </div>
<div> </div><div>Turgay</div>