hello sir,<br><br>i like to know few informations regarding box dimension and setting no.of.solvent molecules..<br><br>i want to run simulation for different number of protein molecules with same number of water molecules..<br>
 i used following commands <br>to increase the no.of molecules i used <br>genbox -nmol 100 -ci protein.pdb -box 15 15 15 -o protein100.pdb<br><br>then i set box type<br><br> editconf -f protein100.pdb -bt cubic -o prot100_box.pdb
-box 15 15 15 

<br><br>to add water <br><div style="text-align:center"><br></div><br>

<p class="MsoNormal">genbox -cp prot100_box.pdb -cs spc216.gro -p topol.top -o prot100_water.pdb  -maxsol 50000 </p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">when i added  50000 water molecules only half of my box is getting filled by solvent molecules..</p>
<p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">i tried 3 times.. i am gettin the same ...</p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">can anyone tell me why its happening like this...</p>
<p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">please help me with your answer..</p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal"><br></p><p class="MsoNormal">thanking you,<br></p>