Hi Gianluca,<br><br>Thanks your question.<br><br>All steps to obtain a generation with 200 individuals, on average, is 6 minutes for 1VII, example. In each generation I must  converted my proteins Dihedral to Cartesian representation, compute the energies, choose the individuals which will go to reproduction, save previous population. This test was using one core of a conventional Desktop computer.<br>
<br>The proteins, that I have tested my algorithm<span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span class="hps"></span></span>, <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span class="hps">vary </span><span class="hps">from 20 to 56</span> <span class="hps">amino</span> <span class="hps">acids</span></span>. <br>
<br>Best regards,<br><br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>
Intelligent System in Structure Bioinformatics<br><a href="http://laips.sel.eesc.usp.br" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jan 24, 2012 at 12:36 AM, Gianluca Interlandi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gianluca@u.washington.edu">gianluca@u.washington.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks Enrico!<br>
<br>
Just wondering. How fast is it? Calling gromacs must have a lot of overhead. Also, do you call mdrun or does g_energy evaluate the energy?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Gianluca</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Tue, 24 Jan 2012, Rodrigo Faccioli wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
Although I don&#39;t work with MC simulation, I have used Gromacs to obtain energies and others<br>
protein features in my Evolutionary Algorithms (EA).<br>
<br>
In general lines, I created a script that calls Gromacs programs and the output of these<br>
programs, such as g_energy (I read its xvg file), I stored it at a specific file which is<br>
read by my algorithm and its values are put into my data structure. I call Gromacs either<br>
implicit or explicit solvent. <br>
<br>
My project is working with EA until now. However, the integration with GROMACS is able to<br>
work with other kind of algorithms such as MC. Actually, we have idea to work with MC. But,<br>
I don&#39;t know when it will be possible. If you want, we can talk about join these work.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
--<br>
Rodrigo Antonio Faccioli<br>
Ph.D Student in Electrical Engineering<br>
University of Sao Paulo - USP<br>
Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>
Department of Electrical Engineering - SEL<br>
Intelligent System in Structure Bioinformatics<br>
<a href="http://laips.sel.eesc.usp.br" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>
Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>
Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/<u></u>1025157978990218</a><br>
Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/<u></u>rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>
<br>
<br>
On Mon, Jan 23, 2012 at 11:39 PM, Gianluca Interlandi &lt;<a href="mailto:gianluca@u.washington.edu" target="_blank">gianluca@u.washington.edu</a>&gt; wrote:<br>
      Hi!<br>
<br>
      I would like to use gromacs to perform Monte Carlo simulations in implicit<br>
      solvent of a protein near a surface. The protein is treated as a rigid body<br>
      whereas the surface is fix.<br>
<br>
      I see that there are plans to code MC into gromacs:<br>
<br>
      <a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/Monte_Carlo" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Developer_Zone/Programming_<u></u>Guide/Monte_Carlo</a><br>
<br>
      Is there a preliminary version?<br>
<br>
      If not, I wonder whether anybody has tried to do MC with gromacs using IMD and<br>
      MDDriver:<br>
<br>
      <a href="http://www.baaden.ibpc.fr/projects/mddriver/" target="_blank">http://www.baaden.ibpc.fr/<u></u>projects/mddriver/</a><br>
<br>
      Besides this. Is there an easy way to obtain the force field energy of a system<br>
      using gromacs? Would I have to run a 0-steps MD and read out the energy? I know<br>
      that this would have a big overhead in a MC simulation, but it might be worth<br>
      trying.<br>
<br>
      Thanks,<br>
<br>
          Gianluca<br>
<br>
      ------------------------------<u></u>-----------------------<br>
      Gianluca Interlandi, PhD <a href="mailto:gianluca@u.washington.edu" target="_blank">gianluca@u.washington.edu</a><br>
                         <a href="tel:%2B1%20%28206%29%20685%204435" value="+12066854435" target="_blank">+1 (206) 685 4435</a><br>
                         <a href="http://artemide.bioeng.washington.edu/" target="_blank">http://artemide.bioeng.<u></u>washington.edu/</a><br>
<br>
      Postdoc at the Department of Bioengineering<br>
      at the University of Washington, Seattle WA U.S.A.<br>
      ------------------------------<u></u>-----------------------<br>
      --<br>
      gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
      <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
      Please search the archive at<br>
      <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
      Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or<br>
      send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
      Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
------------------------------<u></u>-----------------------<br>
Gianluca Interlandi, PhD <a href="mailto:gianluca@u.washington.edu" target="_blank">gianluca@u.washington.edu</a><br>
                    <a href="tel:%2B1%20%28206%29%20685%204435" value="+12066854435" target="_blank">+1 (206) 685 4435</a><br>
                    <a href="http://artemide.bioeng.washington.edu/" target="_blank">http://artemide.bioeng.<u></u>washington.edu/</a><br>
<br>
Postdoc at the Department of Bioengineering<br>
at the University of Washington, Seattle WA U.S.A.<br>
------------------------------<u></u>-----------------------</div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>