Hi,<br><br>Although I don&#39;t work with MC simulation, I have used Gromacs to obtain energies and others protein features in my Evolutionary Algorithms (EA).<br><br>In general lines, I created a script that calls Gromacs programs and the output of these programs, such as g_energy (I read its xvg file), I stored it at a specific file which is read by my algorithm and its values are put into my data structure. I call Gromacs either implicit or explicit solvent.  <br>
<br>My project is working with EA until now. However, the integration with GROMACS is able to work with other kind of algorithms such as MC. Actually, we have idea to work with MC. But, I don&#39;t know when it will be possible. If you want, we can talk about join these work. <br>
<br>Best regards,<br><br clear="all">--<br>Rodrigo Antonio Faccioli<br>Ph.D Student in Electrical Engineering<br>University of Sao Paulo - USP<br>Engineering School of Sao Carlos - EESC<br>Department of Electrical Engineering - SEL<br>
Intelligent System in Structure Bioinformatics<br><a href="http://laips.sel.eesc.usp.br" target="_blank">http://laips.sel.eesc.usp.br</a><br>Phone: 55 (16) 3373-9366 Ext 229<br>Curriculum Lattes - <a href="http://lattes.cnpq.br/1025157978990218" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/1025157978990218</a><br>
Public Profile - <a href="http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5" target="_blank">http://br.linkedin.com/pub/rodrigo-faccioli/7/589/a5</a><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 23, 2012 at 11:39 PM, Gianluca Interlandi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gianluca@u.washington.edu">gianluca@u.washington.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi!<br>
<br>
I would like to use gromacs to perform Monte Carlo simulations in implicit solvent of a protein near a surface. The protein is treated as a rigid body whereas the surface is fix.<br>
<br>
I see that there are plans to code MC into gromacs:<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/Developer_Zone/Programming_Guide/Monte_Carlo" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Developer_Zone/Programming_<u></u>Guide/Monte_Carlo</a><br>
<br>
Is there a preliminary version?<br>
<br>
If not, I wonder whether anybody has tried to do MC with gromacs using IMD and MDDriver:<br>
<br>
<a href="http://www.baaden.ibpc.fr/projects/mddriver/" target="_blank">http://www.baaden.ibpc.fr/<u></u>projects/mddriver/</a><br>
<br>
Besides this. Is there an easy way to obtain the force field energy of a system using gromacs? Would I have to run a 0-steps MD and read out the energy? I know that this would have a big overhead in a MC simulation, but it might be worth trying.<br>

<br>
Thanks,<br>
<br>
     Gianluca<br>
<br>
------------------------------<u></u>-----------------------<br>
Gianluca Interlandi, PhD <a href="mailto:gianluca@u.washington.edu" target="_blank">gianluca@u.washington.edu</a><br>
                    <a href="tel:%2B1%20%28206%29%20685%204435" value="+12066854435" target="_blank">+1 (206) 685 4435</a><br>
                    <a href="http://artemide.bioeng.washington.edu/" target="_blank">http://artemide.bioeng.<u></u>washington.edu/</a><br>
<br>
Postdoc at the Department of Bioengineering<br>
at the University of Washington, Seattle WA U.S.A.<br>
------------------------------<u></u>-----------------------<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>