<div>Hello,<br><br>After upgrading to gromacs 4.5.5, the old .mdp file that was working is now giving me errors. Specifically, I&#39;m getting </div><div>&quot;This usually means your system is exploding,</div><div>if not, you should increase table-extension in your mdp file</div>
<div>or with user tables increase the table size&quot; <br>for a few interactions, with each of them approaching inf.<br><br></div><div>This is with a good starting configuration. Any ideas as to the error? My .mdp file is below.</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Alex Seling</div><div><br></div><div><br></div><div>title = lea at 300K</div><div>cpp = /lib/cpp -traditional</div><div>integrator = md ;sd ;md ;bd</div><div>tinit = 0.0</div><div>dt = 0.001 ;time step of 1 fs</div>
<div>nsteps = 238000000 ;1 us @ 1fs</div><div>nstxout = 200000 ; frequency to write coordinates to output trajectory file = 1ns</div><div>nstxtcout = 200000 ; frequency to write coordinates to xtc trajectory = 1 ns</div><div>
nstvout = 0</div><div>nstfout = 0</div><div>nstlog = 200000 ; frequency to write energies to log file = 1 ns</div><div>nstenergy = 200000 ; frequency to write energies to energy file = 1ns</div><div>energygrps = system</div>
<div>comm_mode = angular</div><div>nstcomm = 40</div><div>nstlist = 100</div><div>nstype = simple</div><div>pbc = no</div><div>rlist = 100</div><div>rgbradii = 100</div><div>coulombtype = cut-off</div><div>epsilon_r = 1 ; double check this is what we want</div>
<div>rcoulomb = 100</div><div>vdwtype = cut-off</div><div>rvdw = 100</div><div>tc-grps = system</div><div>tau_t = 0.01099</div><div>ref_t = 300</div><div>gen_vel = yes</div><div>gen_temp = 273</div><div>constraints = none</div>
<div>implicit_solvent = GBSA</div><div>gb_algorithm = OBC</div><div>gb_epsilon_solvent = 78</div><div><br></div>